Di Idle Area 51, pemain berperan mengelola operasi rahasia yang didedikasikan untuk menyelamatkan teknologi alien dari UFO yang jatuh. Tujuan utamanya adalah mengumpulkan sebanyak mungkin teknologi luar angkasa ini dan membawanya kembali ke fasilitas penelitian rahasia yang terletak di gurun. Seiring kemajuan pemain, mereka membangun operasi mereka dari awal, mengungkap berbagai rahasia dan teknologi alien dalam prosesnya.
Pemain akan memulai dengan sumber daya yang terbatas dan harus mengembangkan fasilitas mereka secara strategis dengan meneliti berbagai aspek seperti biologi alien, mekanika UFO, teknologi senjata canggih, dan potensi perjalanan antarbintang. Dengan setiap kemajuan, mereka dapat memperoleh dana tambahan dari divisi pemerintah misterius yang mengawasi operasi yang berkaitan dengan pertemuan dengan makhluk luar angkasa. Memaksimalkan efisiensi fasilitas mencakup mempercepat proses, memperoleh lebih banyak kendaraan untuk transportasi, meningkatkan kemampuan penelitian, dan melatih personel untuk menangani tuntutan operasi yang semakin meningkat.
Namun, para pemain harus tetap waspada saat melakukan penelitian. Ancaman pertemuan dengan alien semakin dekat, dan kehadiran karakter seperti Guys in Black menambah lapisan bahaya yang menarik. Sebagai bagian dari gameplay, pemain dapat memulai kampanye misinformasi untuk mengalihkan perhatian publik dari upaya mereka dan juga harus bersiap menghadapi kemungkinan penggerebekan terhadap fasilitas mereka. Bersikap proaktif dalam melindungi operasi mereka dari ancaman ini sangat penting untuk kesuksesan yang berkelanjutan.
Selain itu, pemain dapat meningkatkan operasi mereka menggunakan sumber daya yang ditemukan melalui Gerbang Bintang antargalaksi dan Quasar yang penuh teka-teki. Elemen-elemen ini tidak hanya menambah kedalaman gameplay tetapi juga menghadirkan peluang untuk meningkatkan fasilitas dan meningkatkan efisiensi secara keseluruhan. Para pemain didorong untuk berpikir secara strategis tentang investasi mereka untuk mempertahankan keunggulan kompetitif dalam penelitian mereka sambil mengelola risiko secara efektif.
Pada akhirnya, game ini menempatkan pemain untuk mengendalikan nasib mereka di dunia rahasia Area 51. Pilihan yang diambil akan secara langsung memengaruhi hasil operasional, memengaruhi pertumbuhan pendapatan, manajemen biaya, dan keberhasilan misi mereka secara keseluruhan. Saat pemain menyelami lebih dalam misteri teknologi alien, mereka dihadapkan pada keputusan yang berpotensi berdampak tidak hanya pada operasi mereka tetapi juga nasib dunia itu sendiri.