I Idle Area 51 tar spillerne på seg rollen som å styre en hemmelig operasjon dedikert til å redde fremmedteknologi fra en krasjet UFO. Hovedmålet er å samle så mye av denne utenomjordiske teknologien som mulig og transportere den tilbake til et hemmelig forskningsanlegg som ligger i ørkenen. Etter hvert som spilleren skrider frem, bygger de opp operasjonen sin fra grunnen av, og låser opp ulike fremmede hemmeligheter og teknologier i prosessen.
Spillere vil begynne med begrensede ressurser og må strategisk utvikle anlegget sitt ved å forske på fasetter som alienbiologi, UFO-mekanikk, avansert våpenteknologi og potensialet for interstellare reiser. Med hvert avansement kan de sikre seg ytterligere finansiering fra en mystisk regjeringsavdeling som fører tilsyn med operasjonene knyttet til utenomjordiske møter. Å maksimere effektiviteten til anlegget innebærer å fremskynde prosesser, anskaffe flere kjøretøy for transport, øke forskningskapasiteten og trene personell til å håndtere de økende kravene til operasjonen.
Men spillerne må være årvåkne mens de engasjerer seg i sin forskning. Trusselen om fremmede møter ruver, og tilstedeværelsen av karakterer som Guys in Black legger til et spennende lag av fare. Som en del av spillingen kan spillere sette i gang feilinformasjonskampanjer for å distrahere publikum fra deres bestrebelser og må også forberede seg på potensielle raid på deres anlegg. Å være proaktiv i å beskytte driften mot disse truslene er avgjørende for fortsatt suksess.
I tillegg kan spillere forbedre operasjonene sine ved å bruke ressurser oppdaget gjennom intergalaktiske stjerneporter og gåtefulle kvasarer. Disse elementene gir ikke bare dybde til spillingen, men gir også muligheter til å oppgradere fasiliteter og forbedre den generelle effektiviteten. Spillere oppfordres til å tenke strategisk på investeringene sine for å opprettholde et konkurransefortrinn i sine forskningsaktiviteter samtidig som de håndterer risiko effektivt.
Til syvende og sist plasserer spillet spillere i kontroll over sin skjebne innenfor det hemmelige området Area 51. Valgene som blir tatt vil direkte påvirke de operasjonelle resultatene, påvirke inntektsvekst, kostnadsstyring og den generelle suksessen til oppdraget deres. Etter hvert som spillere dykker dypere inn i mysteriene til fremmedteknologi, står de overfor avgjørelser som potensielt kan påvirke ikke bare driften deres, men også skjebnen til verden selv.