Trong Idle Area 51, người chơi đảm nhận vai trò quản lý một hoạt động bí mật nhằm trục vớt công nghệ của người ngoài hành tinh khỏi một UFO bị rơi. Mục tiêu chính là thu thập càng nhiều công nghệ ngoài Trái đất càng tốt và vận chuyển nó trở lại cơ sở nghiên cứu bí mật nằm trên sa mạc. Khi người chơi tiến bộ, họ xây dựng hoạt động của mình từ đầu, mở khóa nhiều bí mật và công nghệ ngoài hành tinh trong quá trình này.
Người chơi sẽ bắt đầu với nguồn lực hạn chế và phải phát triển cơ sở của mình một cách chiến lược bằng cách nghiên cứu các khía cạnh như sinh học ngoài hành tinh, cơ chế UFO, công nghệ vũ khí tiên tiến và tiềm năng du hành giữa các vì sao. Với mỗi bước tiến, họ có thể đảm bảo nguồn tài trợ bổ sung từ một bộ phận bí ẩn của chính phủ giám sát các hoạt động liên quan đến các cuộc chạm trán với người ngoài Trái đất. Tối đa hóa hiệu quả của cơ sở bao gồm việc đẩy nhanh các quy trình, mua thêm phương tiện vận chuyển, tăng cường năng lực nghiên cứu và đào tạo nhân sự để đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng của hoạt động.
Tuy nhiên, người chơi phải luôn cảnh giác khi tham gia vào nghiên cứu của mình. Mối đe dọa về những cuộc chạm trán với người ngoài hành tinh đang rình rập và sự hiện diện của những nhân vật như Những chàng trai mặc đồ đen càng tạo thêm một lớp nguy hiểm hấp dẫn. Là một phần của trò chơi, người chơi có thể bắt đầu các chiến dịch thông tin sai lệch để đánh lạc hướng công chúng khỏi những nỗ lực của họ và cũng phải chuẩn bị cho các cuộc đột kích tiềm tàng vào cơ sở của họ. Việc chủ động bảo vệ hoạt động của mình trước những mối đe dọa này là điều cần thiết để tiếp tục thành công.
Hơn nữa, người chơi có thể nâng cao hoạt động của mình bằng cách sử dụng các tài nguyên được phát hiện thông qua Cổng sao giữa các thiên hà và các Chuẩn tinh bí ẩn. Những yếu tố này không chỉ tạo thêm chiều sâu cho lối chơi mà còn mang đến cơ hội nâng cấp cơ sở vật chất và cải thiện hiệu quả tổng thể. Người chơi được khuyến khích suy nghĩ một cách chiến lược về các khoản đầu tư của mình để duy trì lợi thế cạnh tranh trong quá trình theo đuổi nghiên cứu đồng thời quản lý rủi ro một cách hiệu quả.
Cuối cùng, trò chơi đặt người chơi quyền kiểm soát vận mệnh của mình trong khu vực bí mật của Khu vực 51. Những lựa chọn được đưa ra sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả hoạt động, ảnh hưởng đến tăng trưởng doanh thu, quản lý chi phí và sự thành công chung của nhiệm vụ của họ. Khi người chơi đi sâu hơn vào những bí ẩn của công nghệ ngoài hành tinh, họ phải đối mặt với những quyết định có khả năng ảnh hưởng đến không chỉ hoạt động của họ mà còn cả số phận của chính thế giới.