Aye Aye Captain mời người chơi nắm lấy cướp biển bên trong của họ bằng cách chọn một đội trưởng độc đáo từ một đội hình đa dạng, mỗi người được trang bị khả năng chiến đấu đặc biệt và đáng gờm. Người chơi có thể chọn từ những nhân vật đáng chú ý như Vasco de Gama, người cầm một quả cầu lửa gây chết người, đến Hattori, người sở hữu một lá chắn vô hình thông minh, cùng với các nhân vật đáng sợ khác như Billy và Catalina. Sự lựa chọn chiến lược của đội trưởng có thể ảnh hưởng đáng kể đến trò chơi và mang đến cho người chơi một lợi thế chiến thuật trong sức nóng của chiến đấu hải quân.
Ngoài việc chọn một đội trưởng, người chơi phải chọn từ mười hai tàu chiến khác nhau, mỗi người có các thuộc tính khác nhau có thể ảnh hưởng đến hiệu suất trong các trận chiến đại dương dữ dội. Các con tàu bao gồm từ người quan sát đe dọa và thuyền rồng nhanh nhẹn đến người Hà Lan bay huyền thoại. Mỗi tàu được thiết kế để tăng cường các khía cạnh cụ thể của chiến đấu, đóng một vai trò quan trọng trong cách người chơi điều hướng những thách thức mà họ gặp phải trên biển.
Trước khi tham gia vào trận chiến, người chơi có thể chuẩn bị tàu của họ với áo giáp được nâng cấp, đại bác và ngư lôi để đảm bảo họ sẵn sàng cho các cuộc đụng độ trên tàu mạnh mẽ. Nhìn về phía trước để các trận chiến hải quân trực tuyến hoành tráng có các đội gồm năm so với năm. Người chơi có thể bắt tay vào những cuộc phiêu lưu cướp biển thú vị, đối mặt với những kẻ thù đáng gờm như Kraken trong khi thu thập kho báu trên đường đi.
Trò chơi cung cấp rất nhiều tính năng giúp nâng cao trải nghiệm nhiều người chơi, bao gồm cả tùy chọn tạo thành đội để chiến đấu tập thể hoặc dũng cảm solo Waters. Có nhiều chiến lược khác nhau để thực hiện, được hỗ trợ bởi các cuộc tấn công mạnh mẽ như dầm sương giá và sóng năng lượng, cùng với các khả năng phòng thủ như chữa bệnh và vô hình. Bằng cách hoàn thành một loạt các nhiệm vụ hàng hải, người chơi có thể kiếm được vàng trong khi nhằm chinh phục một trong ba bản đồ mở rộng có sẵn trong trò chơi.