V Idle Area 51 se hráči ujímají role řízení tajné operace věnované záchraně mimozemské technologie z havarovaného UFO. Primárním cílem je shromáždit co nejvíce této mimozemské technologie a dopravit ji zpět do tajného výzkumného zařízení umístěného v poušti. Jak hráč postupuje, budují svou operaci od základů a odemykají různá mimozemská tajemství a technologie.
Hráči začnou s omezenými zdroji a musí strategicky rozvíjet své zařízení zkoumáním aspektů, jako je mimozemská biologie, mechanika UFO, pokročilé technologie zbraní a potenciál pro mezihvězdné cestování. S každým postupem si mohou zajistit další finance od tajemné vládní divize, která dohlíží na operace související s mimozemskými setkáními. Maximalizace efektivity zařízení zahrnuje urychlení procesů, pořízení více vozidel pro přepravu, zvýšení výzkumných kapacit a školení personálu, aby zvládl eskalující požadavky provozu.
Hráči však musí zůstat ostražití, když se zabývají výzkumem. Hrozba setkání s mimozemšťany se rýsuje a přítomnost postav, jako jsou Guys in Black, přidává zajímavou vrstvu nebezpečí. V rámci hry mohou hráči iniciovat dezinformační kampaně, aby odvrátili pozornost veřejnosti od jejich snažení, a musí se také připravit na potenciální nájezdy na jejich zařízení. Být proaktivní při ochraně jejich provozu proti těmto hrozbám je zásadní pro trvalý úspěch.
Hráči navíc mohou vylepšit své operace pomocí zdrojů objevených prostřednictvím mezigalaktických hvězdných bran a záhadných kvasarů. Tyto prvky nejen dodávají hloubku hraní, ale také nabízejí příležitosti k vylepšení zařízení a zlepšení celkové efektivity. Hráči jsou vyzýváni, aby o svých investicích uvažovali strategicky, aby si udrželi konkurenční výhodu ve svých výzkumných činnostech a zároveň efektivně řídili rizika.
Hra nakonec dává hráčům kontrolu nad svým osudem v tajné říši Oblasti 51. Provedené volby přímo ovlivní provozní výsledky, ovlivní růst příjmů, řízení nákladů a celkový úspěch jejich mise. Jak se hráči ponořují hlouběji do tajů mimozemské technologie, čelí rozhodnutím, která by mohla potenciálně ovlivnit nejen jejich fungování, ale také osud světa samotného.