In Idle Area 51 nemen spelers de rol op zich van het leiden van een geheime operatie gericht op het redden van buitenaardse technologie uit een neergestorte UFO. Het primaire doel is om zoveel mogelijk van deze buitenaardse technologie te verzamelen en terug te transporteren naar een geheime onderzoeksfaciliteit in de woestijn. Naarmate de speler vordert, bouwt hij zijn operatie van de grond af op, waarbij hij verschillende buitenaardse geheimen en technologieën ontgrendelt.
Spelers beginnen met beperkte middelen en moeten hun faciliteiten strategisch ontwikkelen door facetten als buitenaardse biologie, UFO-mechanica, geavanceerde wapentechnologieën en het potentieel voor interstellaire reizen te onderzoeken. Met elke vooruitgang kunnen ze extra financiering veiligstellen van een mysterieuze overheidsafdeling die toezicht houdt op de operaties die verband houden met buitenaardse ontmoetingen. Het maximaliseren van de efficiëntie van de faciliteit betekent het versnellen van processen, het aanschaffen van meer voertuigen voor transport, het vergroten van de onderzoeksmogelijkheden en het opleiden van personeel om aan de escalerende eisen van de operatie te kunnen voldoen.
De spelers moeten echter waakzaam blijven tijdens hun onderzoek. De dreiging van ontmoetingen met buitenaardse wezens doemt op, en de aanwezigheid van personages als de Guys in Black voegt een intrigerende laag gevaar toe. Als onderdeel van de gameplay kunnen spelers desinformatiecampagnes starten om het publiek af te leiden van hun inspanningen en moeten ze zich ook voorbereiden op mogelijke aanvallen op hun faciliteiten. Proactief zijn bij het beschermen van hun activiteiten tegen deze bedreigingen is essentieel voor blijvend succes.
Bovendien kunnen spelers hun operaties verbeteren met behulp van middelen die zijn ontdekt via intergalactische Star Gates en raadselachtige Quasars. Deze elementen voegen niet alleen diepte toe aan de gameplay, maar bieden ook mogelijkheden om faciliteiten te upgraden en de algehele efficiëntie te verbeteren. Spelers worden aangemoedigd om strategisch na te denken over hun investeringen om een concurrentievoordeel te behouden in hun onderzoeksactiviteiten en tegelijkertijd de risico's effectief te beheersen.
Uiteindelijk geeft het spel spelers de controle over hun lot binnen het clandestiene rijk van Area 51. De gemaakte keuzes zullen rechtstreeks van invloed zijn op de operationele resultaten, wat van invloed is op de omzetgroei, het kostenbeheer en het algehele succes van hun missie. Terwijl spelers dieper in de mysteries van buitenaardse technologie duiken, worden ze geconfronteerd met beslissingen die niet alleen hun eigen operatie kunnen beïnvloeden, maar ook het lot van de wereld zelf.